Releases: SegataLab/metamlst
v1.2.3
Updated database version (May 2022):
- 151 organisms
- 1038 total loci
- 156257 total alleles (~74.15 Megabases)
- 17506 total profiles
Profiles the following species.
(species name) : metamlst_species_name
Achromobacter spp. : achromobacter
Acinetobacter baumannii (Oxford : abaumannii1
Acinetobacter baumannii (Pasteur : abaumannii2
Aeromonas spp. : aeromonas
Aggregatibacter actinomycetemcomitan : aactinomycetemcomitans
Anaplasma phagocytophilum : aphagocytophilum
Arcobacter spp. : arcobacter
Aspergillus fumigatus : afumigatus
Bacillus cereus : bcereus
Bacillus licheniformis : blicheniformis
Bacillus subtilis : bsubtilis
Bacteroides fragilis : bfragilis
Bartonella bacilliformis : bbacilliformis
Bartonella henselae : bhenselae
Bartonella washoensis : bwashoensis
Blastocystis spp. (ST3) : blastocystisST3
Blastocystis spp. (ST4) : blastocystisST4
Borrelia spp. : borrelia
Brachyspira spp. : brachyspira
Brachyspira spp. / B. hampsoni : bhampsonii
Brachyspira spp. / B. hyodysenteria : bhyodysenteriae
Brachyspira spp. / B. intermedi : bintermedia
Brachyspira spp. / B. pilosicol : bpilosicoli
Brucella spp. (9 Loci) : brucella1
Brucella spp. (21 Loci) : brucella2
Burkholderia cepacia complex : bcepacia
Burkholderia pseudomallei : bpseudomallei
Campylobacter concisus/curvus : cconcisus
Campylobacter fetus : cfetus
Campylobacter helveticus : chelveticus
Campylobacter hyointestinalis : chyointestinalis
Campylobacter insulaenigrae : cinsulaenigrae
Campylobacter jejuni/coli : campylobacter
Campylobacter lanienae : clanienae
Campylobacter lari : clari
Campylobacter sputorum : csputorum
Campylobacter upsaliensis : cupsaliensis
Candida albicans : calbicans
Candida glabrata : cglabrata
Candida krusei : ckrusei
Candida tropicalis : ctropicalis
Candidatus Liberibacter solanacearu : liberibacter
Carnobacterium maltaromaticum : cmaltaromaticum
Chlamydia trachomatis : ctrachomatis
Chlamydia trachomatis Uppsala : ctrachomatis2
Chlamydiales spp. : chlamydiales
Citrobacter spp. : cfreundii
Clonorchis sinensis : csinensis
Clostridioides difficile : cdifficile
Clostridium botulinum : cbotulinum
Clostridium perfringens : cperfringens
Clostridium septicum : csepticum
Cronobacter spp. : cronobacter
Cutibacterium acnes : pacnes
Dichelobacter nodosus : dnodosus
Edwardsiella spp. : edwardsiella
Enterobacter cloacae : ecloacae
Enterococcus faecalis : efaecalis
Enterococcus faecium : efaecium
Escherichia spp. (Achtman) : escherichia1
Escherichia spp. (Pasteur) : escherichia2
Flavobacterium psychrophilum : fpsychrophilum
Gallibacterium anatis : gallibacterium
Geotrichum spp. : geotrichum
Glaesserella parasuis : hparasuis
Haemophilus influenzae : hinfluenzae
Helicobacter cinaedi : hcinaedi
Helicobacter pylori : helicobacter
Helicobacter suis : hsuis
Klebsiella aerogenes : kaerogenes
Klebsiella oxytoca : koxytoca
Kudoa septempunctata : kseptempunctata
Lactobacillus salivarius : lsalivarius
Leptospira spp. Scheme 1 : leptospira1
Leptospira spp. Scheme 2 : leptospira2
Leptospira spp. Scheme 3 : leptospira3
Macrococcus canis : mcanis
Macrococcus caseolyticus : mcaseolyticus
Mammaliicoccus sciuri : msciuri
Mannheimia haemolytica : mhaemolytica
Melissococcus plutonius : mplutonius
Mycobacteria spp. : mycobacteria
Mycobacteroides abscessus comple : mabscessus
Mycoplasma agalactiae : magalactiae
Mycoplasma anserisalpingitidi : manserisalpingitidis
Mycoplasma bovis : mbovis1
Mycoplasma bovis (legacy) : mbovis2
Mycoplasma flocculare : mflocculare
Mycoplasma gallisepticum (Beko : mgallisepticum2
Mycoplasma gallisepticum (Ghanem : mgallisepticum1
Mycoplasma hominis : mhominis
Mycoplasma hyopneumoniae : mhyopneumoniae
Mycoplasma hyorhinis : mhyorhinis
Mycoplasma iowae : miowae
Mycoplasma pneumoniae : mpneumoniae
Mycoplasma synoviae : msynoviae
Neisseria spp. : neisseria
Orientia tsutsugamushi : otsutsugamushi
Ornithobacterium rhinotracheal : orhinotracheale
Paenibacillus larvae : plarvae
Pediococcus pentosaceus : ppentosaceus
Photobacterium damselae : pdamselae
Piscirickettsia salmonis : psalmonis
Porphyromonas gingivalis : pgingivalis
Pseudomonas aeruginosa : paeruginosa
Pseudomonas fluorescens : pfluorescens
Pseudomonas putida : pputida
Rhodococcus spp. : rhodococcus
Riemerella anatipestifer : ranatipestifer
S. mutans (Do) : smutans1
S. mutans (Nakano) : smutans2
S. oralis : soralis
Salmonella spp. : salmonella
Saprolegnia parasitica : sparasitica
Shewanella spp. : shewanella
Sinorhizobium spp. : sinorhizobium
Staphylococcus aureus : saureus
Staphylococcus chromogenes : schromogenes
Staphylococcus epidermidis : sepidermidis
Staphylococcus haemolyticus : shaemolyticus
Staphylococcus hominis : shominis
Staphylococcus pseudintermediu : spseudintermedius
Stenotrophomonas maltophilia : smaltophilia
Streptococcus agalactiae : sagalactiae
Streptococcus bovis/equinus complex (SBSEC : sbsec
Streptococcus canis : scanis
Streptococcus dysgalactiae : sdysgalactiae
Streptococcus gallolyticus : sgallolyticus
Streptococcus iniae : siniae
Streptococcus pneumoniae : spneumoniae
Streptococcus pyogenes : spyogenes
Streptococcus suis : ssuis
Streptococcus thermophilus : sthermophilus
Streptococcus uberis : suberis
Streptococcus zooepidemicus : szooepidemicus
Streptomyces spp : streptomyces
Taylorella spp. : taylorella
Tenacibaculum spp. : tenacibaculum
Treponema pallidum (Grillova) : tpallidum
Tricohomas vaginalis : tvaginalis
Ureaplasma spp. : ureaplasma
Vibrio cholerae : vcholerae1
Vibrio cholerae (O1 and O139) : vcholerae2
Vibrio parahaemolyticus : vparahaemolyticus
Vibrio spp. : vibrio
Vibrio tapetis : vtapetis
Vibrio vulnificus : vvulnificus
Wolbachia spp. : wolbachia
Xylella fastidiosa : xfastidiosa
Yersinia ruckeri : yruckeri