Des exemples commentés et généralement illustrés sont disponibles sous forme de Jupyter Notebooks
Commented and generally illustrated examples are available in the form of Jupyter Notebooks
- Document principal et pré-requis / Main document and prerequisites
- Comment lire et utiliser ces notebooks ? / How to read and use these notebooks?
- Bibliothèques Python & extensions Jupyter nécessaires / Required Python libraries and JupyterLab extensions
- Liste des changements / List of changes
- Comment citer ce travail ? / How to cite this work?
Il faut lire le fichier TOC.ipynb, qui renvoie vers des sous-thèmes. Chaque sous-thème est introduit par les objectifs de ces TP, ainsi qu'une table des matières qui permet d'accéder aux cours/TP et aux exercices.
Pré-requis : des notions très élémentaires d'algorithmique (variables, tests conditionnels, boucles). 🤔 Vous voulez rafraîchir vos connaissances et renforcer vos acquis ? Le notebook PPCL.ipynb est fait pour ça. Il est un peu long, mais il en vaut la peine 😊. Vous pouvez peut-être même vous lancer sans aucune connaissance algorithmique de base. C'est à vous de voir si cela vous suffit.💪💪🏼💪🏿
Read the TOC.ipynb file, which points to subtopics. Each subtopic is introduced by the goals of the course, as well as a table of contents that allows access to the courses/tutorials and exercises.
Prerequisite : very basic notions of algorithmic (variables, conditional tests, loops). 🤔 Do you want to refresh your knowledge and reinforce your skills? This is what the PPCL.ipynb notebook is for. It's a bit long, but it's worth the effort 😊. You may even be able to get started without any basic algorithmic knowledge. It's up to you to see if that's enough for you.💪💪🏼💪🏿
1. Installer Jupyter ainsi qu'une distribution Python / Install Jupyter as well as a Python distribution
Il faut d'abord avoir installé Jupyter ainsi qu'une distribution python sur son PC.
La solution la plus simple est d'installer et utiliser Anaconda, qui est une distribution libre et open source du langage de programmation Python :
- Les versions de paquetages sont gérées par le système de gestion de paquets conda
- Elle comprend également Anaconda Navigator, qui est une interface graphique "user-friendly"
- Les applications suivantes sont disponibles par défaut dans le
navigateur :
- JupyterLab & Jupyter Notebook
- Spyder
- RStudio
- ...
- Anaconda est disponible pour MacOS, Windows, Linux.
First install Jupyter as well as a Python distribution on your PC.
A simple and easy possibility is to install Anaconda, a free and opensource distribution of the Python programming language:
- Package versions are managed by the package management system conda
- It also includes a user friendly GUI, Anaconda Navigator
- The following applications are available by default in Navigator:
- JupyterLab & Jupyter Notebook
- Spyder
- RStudio
- ...
- Anaconda runs under MacOS, Windows, Linux.
2. Cloner ou Télécharger le dépôt (repository) pyPhysChem / Clone or Download the pyPhysChem repository
Ce n'est pas la façon de faire qui est recommandée, bien que ce soit la plus simple. Essayez plutôt le clonage (voir paragraphe "cloner le dépôt" ci-dessous 👇) / It is not the recommended way, although it is the simplest. Try clone the repository instead (see the "clone repository" subsection below 👇)
Téléchargez l'archive zip / Download the zip archive
C'est la méthode recommandée, car elle facilite la mise à jour des notebooks / This is the recommended way, given the ease of updating notebooks
Ouvrez un terminal. Depuis le répertoire où vous voulez installer les notebooks, tapez la commande : / Open a terminal. Go into the folder in which the notebooks will be installed, and type:
git clone https://github.com/rpoteau/pyPhysChem.gitVous avez maintenant un répertoire pyPhysChem dans le répertoire depuis
lequel vous avez lancé la commande git / You now have a pyPhysChem
folder installed in the folder from which the git command was ran
pyPhysChem étant un projet en évolution, il faut régulièrement vérifier
qu'il n'y a pas de mise à jour. La commande suivante met si nécessaire à
jour le contenu du répertoire Pytchem / Pytchem being a
work-in-progress project, it is necessary to regularly check for a
possible update. The content of the pyPhysChem folder is updated by using
the following command:
allez d'abord dans le répertoire pyPhysChem / first go into the pyPhysChem
folder
puis tapez / and then enter
git pull origin mainVous devez télécharger et installer l'application git. Ne changez aucune option par défaut, à l'exception de l'éditeur Nano au lieu de vi / You must download and install the git application. Do not change any default options, except for the Nano editor instead of vi
Exécutez ensuite l'application Git GUI. Ça devrait ressembler à ça : / Then run the Git GUI application. It should look like:
Cliquez sur "Clone existing repository". Collez l'adresse https://github.com/rpoteau/pyPhysChem.git dans le champ "Source location". Choisissez un emplacement où cloner pyPhysChem dans "Target Directory", ajoutez pyPhysChem au chemin. Ce répertoire va être créé par Git GUI / Click on "Clone existing repository". Paste the https://github.com/rpoteau/pyPhysChem.git in the "Source location" field. Choose the local target folder. Add pyPhysChem to the pathway. This folder will be created by Git GUI
Cliquez sur "Clone". Patientez. À la fin de l'installation, vous allez voir cette fenêtre : / Click on "Clone". Wait. This window will appear after the installation is completed:
Vous pouvez fermer cette application / You can close this application
- Ouvrez un terminal / Open a terminal
- Allez (commande
cd chemin d'accès) dans le répertoire qui contient pyPhysChem / Navigate to the folder that contains pyPhysChem (cd pathway) - tapez la commande / enter the command
jupyter-lab TOC.ipynbLe plus simple est de passer par Anaconda Navigator, puis de sélectionner JupyterLab / The easiest way is to select JupyterLab from Anaconda Navigator
Il ne reste plus qu'à naviguer jusqu'au répertoire qui contient pyPhysChem,
et à charger la table des matières intitulée TOC.ipynb / All that
remains is to navigate to the directory that contains pyPhysChem, and load
the table of contents entitled TOC.ipynb.
Bibliothèques Python & extensions Jupyter nécessaires / Required Python libraries and JupyterLab extensions
Vous devez installer les bibliothèques suivantes dans votre environnement Python / You must install the following libraries in your Python environment:
matplotlib✅numpy✅scipy✅sympy✅pandas✅dataframe-image❌seaborn✅scikit learn✅tensorflow❌keras❌plotly✅jupyter_jsmol❌rdkit❌- ✅ = bibliothèque installée par défaut avec Anaconda / library installed by default in Anaconda
- ❌ = bibliothèque à installer dans l'environnement de base de Anaconda / library to be installed in the base environment of Anaconda:
- dans Anaconda navigator, cliquez sur "Environments", puis sur "Base" / select "Environments" and "Base" in Anaconda Navigator
- puis sélectionnez "not installed", et enfin entrez dans le champ
"search package" le nom de la bibliothèque que vous voulez installer
(exemple
keras) / then select "not installed", and finally enter in the "search package" field the name of the library you want to install (e.g.keras)
Certaines extensions JupyterLab sont recommandées, voire nécessaires / Some JupyterLab extensions are recommended or even necessary:
@jupyterlab/plotly@jupyterlab/latex
Les installer via l'onglet "extension manager" de JupterLab ; vous pouvez faire les chercher dans la liste ou bien utiliser le champ "search" / Install them using the JupyterLab "extension manager" tab; you can search them in the list or use the "search" field
🔄 Liste des changements / List of changes 🔄
Si vous utilisez des parties significatives des codes publiés dans ce dépôt github, ou bien s'il a été utile pour votre auto-formation, veuillez le citer comme suit :
If you use pieces of code of this github repository that turned out to be decisive to your work, or that have been useful for your self-learning, please cite it as follows:
S. Christodoulou, Iann C. Gerber, F. Jolibois and R. Poteau, Python in the Physical Chemistry lab (pyPhysChem) github repository, release v. 1.7.4 (2023), doi: 10.5281/zenodo.8396813
